Programma del Corso di Struttura delle Proteine per il Corso di Laurea in Chimica
Docente Prof. Silvano Geremia (facoltà di Scienze)
La struttura delle molecole
La struttura tridimensionale. Relazione struttura-attività. Interazioni tra atomi. Il legame ionico e le interazioni elettrostatiche. Il legame covalente e la geometria delle molecole. Forza e ordine di legame. Distanze e angoli di legame. I legami policentrici e la risonanza. Gli angoli diedri e la libertà conformazionale delle molecole. Configurazione e conformazione. Interazioni di non legame. Il legame ad idrogeno. Interazioni ione-dipolo, dipolo-dipolo, ione-dipolo indotto, dipolo-dipolo indotto, dipolo indotto-dipolo indotto. Le interazioni di van der Waals.
La struttura primaria delle proteine
Struttura chimica e proprietà degliamminoacidi. Gli amminoacidi idrofobici (alifatici e aromatici), polari e concarica. Il legame peptidico. La risonanza del legame peptidico, isomeria cis-trans.Il ponte disolfuro. Le conformazioni della catena principale, gli angoli f e y e il plot di Ramachandran. Le conformazioni dellecatene laterali, le conformazioni gauche+, trans e gauche-.La seleniocisteina, il 21° amminoacido codificato. Amminoacidi non codificatiottenuti mediante modifiche post-traduzionali. Modifiche post-traduzionali: glicoproteine ed oloproteine. I principalicofattori.
La struttura secondaria
L' a elica, l'elica 3.010,l'elica p. Il foglietto b ripiegato paralleloe antiparallelo. I ripiegamenti del tipo g e del tipo I e II ei corrispondenti ripiegamenti invertiti g' I' e II'.
La struttura super secondaria (motivi)
Il motivo elica-ripiegamento-elica. Il motivobeta-ripiegamento-beta. Il motivo beta-alfa-beta.
I domini
I domini tutto a. I dominitutto b. I domini a / b. I domini a + b.
La struttura terziaria
Il ripiegamento delle proteine. La posizionedei siti attivi. Le strutture a singolo dominio e a domini multipli
La struttura quaternaria
Simmetrie presenti nelle aggregazioni di piùcatene polipeptidiche.
Esempi di struttura di proteine
Banche dati di proteine
Le banche dati di proteine presenti inInternet: Il database strutturale PDB (Protein Database). Il database diclassificazione delle strutture di proteine SCOP (Structural classification ofproteins). Il database di proteine SWISS-PROT.
Grafica molecolare
Software per la visualizzazione dellestrutture di proteine. Rappresentazione della struttura secondaria.
Corso di Struttura delle Proteine